La Paz, 10 de diciembre de 2021 (Periódico Ahora El Pueblo).- La directora ejecutiva del Instituto Nacional de Laboratorios de Salud (Inlasa), Evelín Fortún, informó que Bolivia cuenta con la tecnología para detectar cualquier variante del virus SARS-CoV-2 de la gran familia de los coronavirus.
“El Inlasa cuenta con un equipo de última generación que es el MiSeq de Illumina, con una tecnología de punta que le permite al país tener información sobre mutaciones y variantes que pueden existir de SARS-CoV-2 en Bolivia, así como de otros virus”, explicó Fortún.
El equipo fue adquirido antes de la pandemia, pero por el golpe de Estado no lo usaron y prácticamente lo olvidaron en una caja todo el 2020.
El moderno dispositivo pone a Bolivia a la par de las grandes potencias mundiales. Este año identificó a las variantes Gamma, Mu, Lamba y la temida Delta, que castiga a Europa hoy.
Es por eso que el moderno equipo de secuenciación genómica puede detectar a la variante Ómicron, considerada de preocupación en caso de que llegara al país.
El equipo que es considerado la joya más preciada del Inlasa es muy pequeño, pero puede identificar variantes nuevas, en caso por ejemplo de que el virus llegara a mutar en el país, como ocurrió en otros lugares del mundo.
El secuenciador, que trabaja desde enero de este año, permitió efectuar las pruebas necesarias por un grupo capacitado de biólogos moleculares quienes deben iniciar el trabajo desde que las muestras llegan al laboratorio hasta preparar el material que es introducido al secuenciador que hace el trabajo. Este proceso puede durar horas donde los profesionales deben estar en constante vigila para evitar errores, muchas veces más de 24 horas de trabajo constante para secuenciar muestras.
En marzo iniciaron las conversaciones entre el Viceministerio de Promoción, Vigilancia Epidemiológica y Medicina Tradicional, liderado por María Renee Castro e Inlasa, con la Cooperación Alemana GIZ y el Hospital Universitario de Charité de Alemania para aprobar e iniciar la ejecución del proyecto de Fortalecimiento del Ministerio de Salud y Deportes de Bolivia que permitirá implementar el sistema de vigilancia genómica de SARS-CoV-2 en Bolivia.
En abril se aprobó el proyecto y se inició el intercambio técnico-científico junto a profesionales alemanes, y la compra de equipos, insumos y reactivos para fortalecer el Área de Secuenciación de Inlasa y lograr la implementación de la secuenciación del genoma completo de SARS-CoV-2.
“Para ello se recibió capacitación del personal a nivel internacional por el Hospital Universitario de Charité de Alemania, además de expertos de Argentina y Brasil. Son ocho profesionales que se capacitaron para identificación de las variantes y secuenciación genómica”, explicó Fortún.
Los institutos ANLIS Malbrán en Argentina y de Tecnología en Inmunobiológicos de la Fundación Oswaldo Cruz (Bio-Manguinhos / FIOCRUZ) de Brasil, donde Bolivia enviaba sus muestras para analizarlas, avalaron la secuenciación y dieron luz verde al trabajo en el país.
El virus del SARS-CoV-2, como mecanismo de defensa, presenta mutaciones, algunas se vuelven variantes de bajo monitoreo, de interés o de preocupación, Ómicron tiene la última característica.
“Ómicron es una variante que la conocemos técnicamente como B.1.1.529, se notificó por primera vez a la OMS el 24 de noviembre de 2021 en Sudáfrica. Si estuviera circulando en el país, tenemos la certeza de que podemos identificarla para la tranquilidad de la población y para que el Estado tome medidas para proteger a los bolivianos”, explicó Fortún.
Los resultados de este complejo estudio que tiene 40 pasos previos desde la entrega de la muestra en el laboratorio requieren de al menos dos semanas y media y tienen un costo de hasta $us 25 mil por los reactivos que se necesitan. El equipo tiene un costo de más de un millón de dólares.
Inlasa es hoy el laboratorio de referencia de Bolivia para la detección de variantes del coronavirus.
El procedimiento para la secuenciación del genoma del virus está ya definido en el Inlasa a partir del diagnóstico positivo de una persona infectada.
“Cuando tenemos una muestra, nos olvidamos del nombre del portador y solamente nos enfocamos del lugar de donde vienen y la carga viral que pueda presentar, el CT (ciclo umbral) menor a 30, que es lo que nos habilita a considerarla una muestra para secuenciar”.
Cada departamento con parámetros de calidad previamente establecidos envía muestras al Inlasa, donde se procesan y se identifican las secuencias que corresponden a las variantes de preocupación y si son positivas se inicia el proceso. Se trata de llegar de 70 a 100 muestras de todo el país para ingresar al proceso que se llama armar una librería para identificar las variantes. Las librerías están construidas con fragmentos de ADN o ARN.
EL PROCESO
Las biólogas moleculares Jessica Guzmán y Carla Miranda trabajan en el área de secuenciación del laboratorio de inmunología del Inlasa, son las encargadas de efectuar el procedimiento desde la recepción de las muestras hasta obtener o descubrir las variantes que existen en el país.
“Se hace el tamizaje que permite detectar mutaciones asociadas a variantes y tomamos un grupo de interés para la secuenciación y pasa por un control de calidad, y las muestras seleccionadas pasan por una serie de pasos que son largos y complejos”, señaló Miranda.
Las muestras se limpian de contaminación con procedimientos en laboratorio, el proceso puede tomar entre tres a cuatro semanas desde la llegara de las pruebas hasta la emisión de resultados.
Según la doctora Guzmán, el procedimiento consiste en hacer la reverso transcripción del RNA del virus, fragmentar todo el genoma del virus por muestra, hacer lavados y purificaciones según el protocolo de preparación de librerías de Illumina utilizando perlas magnéticas para que el material genético se pegue en ellas.
“El trabajo es delicado, por eso debe ser realizado por profesionales altamente calificado paso a paso para optimizar la calidad y la fiabilidad de los resultados”, dijo Guzmán.
La idea es eliminar las impurezas para tener un producto purificado que pueda ser secuenciado y cada muestra es identificada individualmente a pesar que ingresan en conjunto al MiSeq, que cuenta con dos software para trabajar.
Las características del secuenciador son la velocidad y simplicidad para la resecuenciación selectiva y la secuenciación de genomas pequeños.
La versatilidad del equipo hace que se pueda secuenciar además de virus y bacterias, genes de DNA asociadas al cáncer para efectuar investigaciones o analizar muestras ambientales para estudiar poblaciones bacterianas o parasitarias de organismos presentes en las muestras.
EL SECUENCIADOR FUE OLVIDADO POR EL GOBIERNO DE FACTO
El Inlasa recibió el secuenciador MiSeq de Illumina gracias al Programa Nacional de Enfermedades Infectocontagiosas del Ministerio de Salud y Deportes de Bolivia a finales de 2019, en ese entonces Programa Nacional ITS VIH/SIDA y Hepatitis Virales junto a la Fundación HIVOs.
El gobierno de facto lo guardó en una caja.
ESPECIFICACIONES DEL SECUENCIADOR MISEQ™ SYSTEM
El secuanciador MiSeq System tiene un software de control sencillo y de fácil seguimiento. Desarrolla operaciones de forma intuitiva mediante el interfaz de la pantalla táctil.
Para su correcto uso, el personal del Inlasa fue capacitado por los fabricantes y personal especializado que capació a los profesionales a desarrollar complejos proceso de preparación de muestras, identificación y lectura de los resultados finales.
Todos los instrumentos MiSeq System incluyen el análisis de datos integrado y acceso a BaseSpace™ Sequence Hub, la plataforma informática basada en la nube genómica de Illumina.
Proporciona una carga de datos en tiempo real, herramientas sencillas de análisis de datos, supervisión de experimentos a través de internet, además de una solución de almacenamiento segura y flexible que brinda el fabricante.
Cuenta con un paquete de herramientas de análisis de datos y una lista cada vez más extensa de aplicaciones de análisis de terceros que facilitan los procesos informáticos de los investigadores.
También permite compartir datos con otros investigadores de manera fácil y rápida.
